Los recursos vegetacionales nativos ocupan una superficie cercana a las 28 millones de hectáreas, millones corresponden a bosques nativos. De estas, 3.9 millones de hectáreas, es decir, el 29 %, se encuentran en el Sistema Nacional de Areas Silvestres Protegidas del Estado; 4.4 millones son considerados bosques de protección y 5.13 millones de hectáreas no tienen restricciones para la producción. Además, es importante destacar que 3.6 millones de hectáreas de estos bosques corresponden a renovales, bosques jóvenes con un gran potencial de crecimiento.

Las otras áreas están cubiertas por vegetación arbórea y arbustiva, que por su densidad o por el tipo de vegetación no son considerados bosques.Por su importancia productiva, ambiental y social, estos recursos deben recibir especial atención, sobre todo si se considera que hasta el momento han sido postergados en beneficio de las plantaciones.

También es necesario tener en consideración que la ley para el manejo de estos recursos está en análisis, la cual una vez aprobada debería generar una considerable actividad en torno al manejo de estos recursos. Desde el punto de vista de los acuerdos internacionales, los bosques y otras formaciones nativas revisten la mayor importancia. Las líneas de acción establecidas en relación a los recursos nativos son:

Desarrollo de técnicas silvícolas y de ordenación forestal para los distintos tipos forestales, con énfasis en la recuperación de bosques degradados.

Estudios para la conservación y recuperación de ecosistemas frágiles. 

Aumento de la productividad de especies nativas a través de estudios genéticos y biotecnología y fomento a su utilización. 

Monitoreo de ecosistemas forestales, considerando aspectos relacionados con la productividad, diversidad biológica y sanidad de los mismos. Esto considera información relacionada con plagas y enfermedades; incendios forestales; efectos del cambio climático y el adelgazamiento de la capa de ozono, entre otros factores considerados en los acuerdos internacionales.

Desarrollo de capacidades para la valoración y medición de los servicios producidos por los bosques, destacando aspectos relacionados con carbono, producción de agua y recreación.